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La creación en 2002 del FONCET tiene como origen la necesidad de crear un mecanismo de financiamiento a largo plazo para la Reserva de la Biosfera El Triunfo, en Chiapas, una de las regiones de mayor importancia biológica a nivel nacional cuyos bosques prestan servicios ambientales estratégicos, en particular para la generación de energía hidroeléctrica. La creación del FONCET por las instituciones fundadoras, también estuvo orientada a que el Fondo sirviera como medio para la coordinación de estrategias y la conformación de una visión en común de los actores institucionales. La articulación de personas, organizaciones civiles e instituciones gubernamentales del sector ambiental, son la base que conforman esta alianza de trabajo.